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寡核苷酸的分析与分离
合成寡核苷酸和DNA片段被应用于迅速发展的应用领域，包括作为主体或杂交探针用于治疗性制剂。沃特世寡核苷酸分离技术(OST：Oligonucleotide Separation Technology)基于BEH杂化颗粒的反相色谱柱，以及Gen-Pak离子交换柱，应对各种高分辨分析与实验室规模分离挑战所需，包括涉及各种DNA和RNA品种。
寡核苷酸分析柱 — 异乎寻常的高分辨率
沃特世寡核苷酸色谱柱装有键合了C18的第二代杂化技术BEH颗粒。对去三苯甲基(detritylated，或称脱保护)的合成寡核苷酸样品的分离，基于成熟的离子对反相色谱法。
沃特世提供1.7 μm UPLC颗粒或2.5 μm HPLC颗粒，装填以各种不同色谱柱规格，从而灵活满足各种实验室规模分离或分析的不同需求，并能实现异乎寻常的样品分辨率和卓越的色谱柱使用寿命。此外，沃特世的制造和质控测试程序，有助于确保批次之间与柱之间的性能的一致性，而无论应用的难度有多高。
分离效率相当于或优于PAGE、CGE、或离子交换HPLC方法
可从去三苯甲基(脱保护)的全长产物中分辨出失败序列
可放大的柱规格，满足实验室规模的分离需求
超长的色谱柱使用寿命，降低单次分析或分离成本
经MassPREP OST标准品质控测试，帮助确保性能稳定
杰出的色谱柱寿命
在这些苛刻的分离条件下，填充以BEH技术颗粒的沃特世寡核苷酸色谱柱显示出引人注目的柱寿命，同时还具有并保持卓越的分离性能。而在相同的苛刻分离条件下，传统硅胶基质色谱柱的使用寿命显著缩短。
干扰RNA寡核苷酸的UPLC/MS分析
RNA干扰(RNAi)机制的发现现在被广泛用于静默目标基因表达，这推动了对小分子干扰RNA(siRNA)分析的需求。为满足对20-25个核苷酸的小分子干扰RNA(siRNA)进行耐用的、快速的、灵敏的分析的需求，沃特世开发了一个UPLC/MS方法，运用了UPLC OST色谱柱和Synapt HDMS
质谱仪。
采集准确质量可对5’-截断寡聚体(寡核苷酸合成过程所产生的失败序列)以及其它一些杂质峰进行分配。质谱图中的质量的每个峰均使用MaxEnt 1软件进行去卷积化。图2给出了推测性的5’-端失败产物。对寡核苷酸母体的几乎完整序列均进行了解释。质谱分析还显示除了目标21-mer RNAi序列以外，还存在一个额外的尿苷单核苷酸。
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