二手质谱仪重要的应用是分离同位素并测定它们的原子质量及相对丰度，测定原子质量的精度超过化学测量方法，大约2/3以上的原子的质量是用质谱方法测定的。
　　由于质量和能量的当量关系，由此可得到有关核结构与核结合能的知识，对于可通过矿石中提取的放射性衰变产物元素的分析测量，可确定矿石的地质年代，还可用于有机化学分析，特别是微量杂质分析，测量分子的分子量，为确定化合物的分子式和分子结构提供可靠的依据，由于化合物有着像指纹一样的独特质谱，质谱仪在工业生产中也得到广泛应用。
　　功能简介：
　　1.可以提供传统裂解方法无法得到的信息息；
　　2.脉冲碰撞能量诱导解离功能可以提供低质量端碎片离子信息；
　　3.高选择MS/MS分析给谱图在数据库和谱库检索更好的匹配，提高了结构确证的可靠性。另外快速极性切换，母离子相关MS3数据关联扫描，可以对翻译后修饰和代谢物组成的鉴定进行智能、快速分析，还可以和高端的回旋共振质谱组合成先进的多级高分辨杂交质谱仪；
　　4.自动数据依赖性多级质谱采集技术不仅为用户提供预测代谢物(母离子列表)结构信息，也能提供未预测到的代谢物结构信息；
　　5.二手质谱仪的主要装置放在真空中，将物质气化、电离成离子束，经电压加速和聚焦，然后通过磁场电场区，不同质量的离子受到磁场电场的偏转不同，聚焦在不同的位置，从而获得不同同位素的质量谱。