二手高效液相色谱分析使用的数据处理系统与二手气相色谱分析使用的完全相同。分析结果除可用记录仪绘制谱图外，现已广泛使用微处理机和色谱数据工作站来记录和处理色谱分析的数据。

微处理机是用于色谱分析数据处理的专用微型计算机，它可与二手气相色谱仪或二手高效液相色谱仪直接连接，构成一个比较完整的色谱分析系统。

一般微处理机包括一定容量的程序储存器、分析方法储存器、数据储存器和谱图记录或显示器。通过对色谱参数的逐个提问，来进行指令定时控制，如自动进样、流量变化、梯度洗脱(或程序升温)、级分收集、谱图储存等。可指导操作者输入相应的数据，可利用键盘给出指令和数据。通常利用功能键给出操作参数指令，利用数字键输入相关的数据。每次色谱分析结束，打印绘图机可当场绘出色谱图，同时标出每个色谱峰的名称、保留时间、峰高或峰面积，在计算峰面积时，可自动修正和优化色谱分析数据，如对基线进行校正、搭界色谱峰的分解等。并可利用已储存的分析方法计算程序，按操作者的要求(如内标法、外标法、归一化法等)自动打印出分析结果。它还可与光盘驱动器连接，以储存色谱分析优化方法的计算程序(使用Basic或Fortran语言)。

微处理机的广泛使用既大大提高了分析速度，也改善了二手气相色谱或二手高效液相色谱分析结果的准确度和精密度。

色谱工作站多采用16位或32位高档微型计算机，其主要功能为：

(1)自行诊断功能可对色谱仪的工作状态进行自行诊断，并能用模拟图形显示诊断结果，可帮助色谱工作者及时判断仪器故障。

(2)全部操作参数控制功能色谱仪的操作参数，如柱温、流动相流量、梯度洗脱程序、检测器灵敏度、最大吸收波长、自动进样器的操作程序等，可以预先设定，并实现自动控制。

(3)智能化数据处理和谱图处理功能可由色谱分析获得色谱图，打印出各个色谱峰的保留时间、峰面积、峰高、半峰宽，并可按归一化法、内标法、外标法等进行数据处理，打印出分析结果。谱图处理功能包括谱图的放大、缩小，峰的合并、删除、多重峰叠加等。使用专用的色谱参数的计算和绘图软件，可计算柱效、分离度、Kovats保留指数、拖尾因子，并可绘制标准工作曲线、范第米特曲线。

(4)进行计量认证的功能工作站储存有对色谱仪器性能进行计量认证的专用程序，可对色谱柱控温精度、流动相流量精度、氘灯和氙灯的光强度及使用时间、光吸收波长校正、检测器噪声、自动进样器的线性等进行监测，可判定是否符合计量认证标准。

(5)控制多台仪器的自动化操作功能色谱工作站可控制四套HPLC系统，并完成全部HPLC方法的设定、运行、打印报告，并可与国际互联网连接进行数据传输或仪器远程诊断。

(6)网络运行功能配备用Windows NT构成的专用软件，作为服务器(server)，可将同一实验室的色谱工作站连成局域网络。服务器使用两种专用软件，一种是从事实验室管理的Chem Access软件，它可传输或交换数据、监控仪器的工作状态；另一种是具有数据库功能的Chem Store软件，它可对数据进行归纳、统计处理、分类。服务器也可与国际互联网连接，构成广域网络。

色谱工作站还可运行多种色谱分离优化软件(如单纯形优化、窗图优化、溶剂选择性三角形优化、重叠分离度图优化等多种方法)、保留指数定性软件、多维色谱系统操作参数控制软件等。